九华山的树木：
国家二级保护树种
金钱松—九华山中闵园、小天台、九华街、甘露寺等均有金钱松的分布，并且多数是胸径在30厘米以上，最大胸径达80厘米的大乔木。
银杏—九华山主要在真如庵、太白书堂等地有数株古银杏，胸径一般在1米左右，最大的胸径达1.5米以上，均为几百年树龄。
香果树—九华山有分布，但数量极少，目前仅发现在中闵园去拜经台的沟谷边有一棵胸径近1米的大树。中国特有的单种属濒危植物。
花榈木—九华街东侧可见，但数量极少，一般树高10-12米，胸径0.5米左右。
毛红椿—甘露寺和九华街都可见有，一般树高12-15米，胸径60-80厘米。
紫楠木—九华山的紫楠木一般散生在海拔900米以下阴湿山谷中，闵园的龙溪两侧有少数几棵，树高8-10米。
鹅掌楸—为古老的孑遗植物，对古植物学和植物系统学有重要科研价值。叶形奇特，为世界著名观赏绿化树种。九华山仅在小天台发现有鹅掌楸植株。
杜仲—是中国特有的单属科、单种属植物，在研究被子植物系统演化上有重要科学价值。九华山自然分布极少发现，偶见有零星栽培植株。
红豆树—分布在天台，蜡烛峰一带。高大乔木，树高一般12-17米，树围2.5米左右。其果似鲜艳的红豆，久藏色不变，可做项链、手镯等装饰品。
国家三级保护树种
天女花—是第四纪冰川孑遗植物之一。百岁宫附近有3棵，树高10-12米。胸径0.4米左右。
短萼黄—为中国著名传统中药材。九华山上闵园有小片分布。
明党参—名贵药材。九华山外围丘陵地区有分布。
青檀—为中国特有的单种属，对研究榆科系统发育有学术价值。九华山外围偶见。
猬实—为恶冬科落叶灌木，高2~3米。花大而美丽，园林栽培，供观赏。九华山外围偶有发现。
凹叶厚朴—对研究东亚和北美植物区系及木兰科系统分类有科学意义，同时又为中国用材和贵重药用树种。叶大浓荫，花大而美丽，亦为庭园观赏树及行道树。九华山小天台、真如庵附近及中闵园发现有栽培或分布植株。
黄山木兰—花果甚美，是城镇园林优良观赏绿化树种。九华山分布极少。
安徽省保护树种
三尖杉—零散分布在小天台、中闵园、甘露寺等处，但数量极少。因三尖杉对某些癌症有疗效而名扬天下，尤其含高三尖杉酯碱，对血癌和淋巴肉瘤有显著疗效。
玉兰—九华山有分布，但极少见，目前仅在中闵园莲花庵附近发现有5株胸径达50厘米以上的大树。
其它名贵树种
青钱柳—分布于九华山小天台、九华街、甘露寺等地，多数为胸径50厘米以上，最大胸径达100厘米的高大乔木。它与“娃娃鱼”（实为东方蝾螈）、“叮当鸟”并称九华山“三宝”。
黄山松—分布于九华山海拨800米以上的闵园、天台、拜金台、真如庵等多处，因树形千姿百态，为著名的天然风景树种。九华山著名的黄山松有“凤凰松”、“黑虎松”等。
青栲—分布在九华山小天台、甘露寺、九华街肉身殿附近等处，有数株胸径在1米左右的大树，树冠美丽，值得保护。
黑壳楠—九华山有极少量分布，目前仅发现在甘露寺旁发现两株胸径约70厘米的大树。
枫香—在九华山分布广泛，但仅有甘露寺、九华寺、小天台等处发现胸径在1米以上的大树，最大胸径达1.5米。
三角枫—九华山分布广泛，但仅在九华街闵公墓附近发现个别胸径达1米的大树。
紫树—九华山有极少量分布，仅在小天台和九华街大悲楼后发现两株胸径在70厘米以上的大树。
檫木—名贵树种。九华街至天台均有分布。是中国特有的珍贵树种之一。
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